现在，电子商务师考证有很多，有各地劳动部门主考，有信息产业部主考，也有工信部主考，上述部门下属培训中心也加入考证发证的行列，如IT技能中心，人才中心，再就业中心等，所以，让人感觉很乱，也不知道那个部门的证书最权威，特别在深圳市，针对招调工所举行的电子商务师培训可以免考，成为多数培训中心的招生亮点。
其实，电子商务师归属IT行业，现在针对全国计算机与软件专业技术人员进行的职业资格和专业技术资格认定（见国人部发 [2003]39 号文件）是最权威的考试。参加这种考试并取得相应级别的资格证书，是用人单位聘任计算机技术与软件专业技术工程系列职务的前提，并纳入全国专业技术人员职业资格证书制度统一规划， 这是我国人事制度的一项改革。
以前，各单位聘任助理工程师、工程师、高级工程师都是通过评审决定的，人为因素多，标准不容易掌握，也不利于客观选选拔人才。于是，从2003年后，国家要求，相关的专业技术人员应先通过全国统一的资格考试获得相应的专业技术资格，各用人单位再从这些合格者中择优聘任专业技术职务。这种制度有利于科学、客观公正地评价和合理使用人才。在国际上也通行这种制度。
但是，各地劳动部门有了各自的利益，联合相关部门开展电子商务师资格培训和认证，而通过认证后并不能达到电子商务师所应有的水平和技能，比如说，有的电子商务师培训不谈html代码，不谈seo，不谈互联网基本理念，只是从商务或营销角度去培训，这样培训出来的学员不能算技能型人才，只能是具备一定理论基础，如何应对复杂的互联网网络应用。如何分析对手的互联网营销策略，如何入手提高网络知名度和排名，从而得到更多客户和订单。
国家软考电子商务师的课程设置合理，完全从技能方面去考虑电子商务师的必备知识，所以，电子商务师首先是IT人才，然后才是营销人才。很多企业只是考虑在淘宝或其它推广网站、搜索网站进行信息发布，以为这样就是电子商务，或者有的企业注重网站建设，以为做了一个很好的网站就完成了电子商务，从传统营销转向网络营销，这些都是错误的，拥有一个好的电子商务师将给企业的发展带来新的空间和模式，而一个好的电子商务师一定是能通过软考的认证，具备很强的电子商务技能，是一个网络的通才。